主要是利用顯微鏡觀察藥材的內部組織構造、細胞形狀及其后含物的特征，用以鑒定藥材的真偽和純度，甚至品質。同時，應用顯微化學的方法還可以確定某些成分在組織中的分布，對指導藥材的鑒定、采收、功工和貯藏都有參考價值。對于僅通過性狀不易識別的藥材、性狀相近的多來源藥材或切碎和粉末狀態的藥材，以及用粉末制成的中藥成方制劑，顯微鑒定尤其重要。

　�。�1）藥材的顯微鑒定 根據觀察的對象和目的，制作不同的切片，如橫、縱切片，表面片，解離組織片，粉制片，花粉粒與孢子制片等，并配合各種組織、細胞或后含物的透化劑、染色劑、顯色劑，可以達到對藥材的有效鑒定。如大黃的大型簇晶，甘草的晶鞘纖維，黃連的黃色石細胞，人參的樹脂道，何首烏、牛膝的異常構造，華山參的木內韌皮部，貝母的淀粉粒，麻黃的氣孔，松花粉的花粉粒，金銀花的毛茸等都有獨特之處；來源于四個科的大青葉可通過葉表面觀的氣孔式、毛茸、結晶等相互區別。

　　由于掃描電子顯微鏡的應用，使顯微鑒定的水平進一步提高，而且，藥材不需制作切片和染色，即可直接進行表面或斷面的觀察，獲得細微的三維結構特征。如黨參、何首烏、雞血藤的導管，石斛的葉鞘，白頭翁的葉柄基（白毛），紅花、金銀花、洋金花的花粉粒等的超微結構，都提供了新的顯微鑒別依據。

　　（2）中藥成方制劑的顯微鑒定 中成藥多有粉末直接入藥者，常由數種、十幾種及至數十種粉末藥材組成，素有“丸、散、錠、丹，神仙難辨”之說。然而，通過掌握各組成藥材的組織粉末特征，完全可以對中成藥進行顯微鑒定。如徐國鈞等在50年代首先進行了“南京靈應痧藥”的顯微鑒定，成功地檢出了麝香、蟾酥、天麻、麻黃、蒼術、甘草、丁香、大黃、雄黃、朱砂等組成藥物。其他如六味地黃丸、十全大補九、海馬補腎丸、石斛夜光丸的鑒定，特別是《中華人民共和國藥典》（1995年版）收載的最大復方“再造丸”，共由58味植、動、礦物藥組成，能夠逐一檢出對應于每一組成藥材的細胞組織特征。顯微鑒定對于中成藥的鑒定，至今仍不失為一種行之有效的方法。