地球上生存的動物已達一百五十萬種以上。為了能正確地區別和更好地利用它們，必須對其進行科學的分類。動物學的分類系統通常是以動物形態上或解剖上的相似程度為依據的。和植物界一樣，動物界也劃分為若干個等級，如門、綱、目、科、屬、種，而以種為分類的基本單位。現在動物還沒有一個比較完善的分類系統，有的將它們分為33門，有的分為30門或28門。其中與藥用動物有關的有10門，它們是（由低等到高等）：

　　原生動物門（Protozoa）；

　　多孔動物門（Porifera）又稱海綿動物門（Spongia），藥用動物如脆針海綿等；

　　腔腸動物門（Coelenterata）藥用動物如海蜇、珊瑚等；

　　扁形動物門（Platyhelminthes）；

　　線形動物門（Nemathelminthes）；

　　環節動物門（Annelida）藥用動物如蚯蚓、蜈蚣、東亞鉗蝎、南方大斑蝥、中華蜜蜂等；

　　軟體動物門（Mollusca）藥用動物如雜色鮑、馬氏珍珠貝、三角帆蚌、長牡蠣、無針烏賊等；

　　節肢動物門（Arthropoda）藥用動物如東亞鉗蝎、少棘巨蜈蚣、地鱉、大刀螂、黑蚱、南方大斑蝥、家蠶、中華蜜蜂等；

　　棘皮動物門（Echinodermata）藥用動物如海參、海膽等；

　　脊索動物門（Chordata）藥用動物如海馬、蟾蜍、烏梢蛇、黑熊、梅花鹿、林麝、牛、賽加羚羊等?

　　中藥中藥用種類較多的動物門有脊索動物門、節肢動物門和軟體動物門，其次是環節動物門和棘皮動物門。

　　動物的命名大多數也和植物命名一樣采用林奈首創的雙名法。由兩個拉丁字或拉丁化的文字，分別表示動物學名的屬名和種名，在學名后附加定名人的姓氏，如意大利蜂ApismelliferaLinn．。

　　動物與植物命名不同之處，在于種內如有亞種時則采用三名法，亞種緊接在種名的后面，如中華大蟾蜍BufobufogargarizansCantor；如有亞屬，則亞屬名在屬名和種名之間，并外加括號，如烏龜Chinemys（Geoclemys）reevesii（Gray）；若屬名改變，則在定名人氏外加括號，如馬氏珍珠貝Pteriamartensii（Dunker）。一般不用變種、變型。

　　拉丁學名中的屬名、亞屬名及命名人的第一個拉丁字母必須大寫，其余均小寫。