針灸可以治療的病超過300種，對100余種疾病有較好的療效，世界衛生組織就推薦43種疾病可應用針灸療法。但一般來講，國內患者到針灸科就診的多以神經系統及骨關節疾病患者為主，如中風后遺癥、面癱、小兒腦癱、頸椎病、肩周炎、腰椎病、各種痛證(頭痛、各種神經痛、關節痛等)、運動傷、外傷(如顱腦外傷)和手術后遺癥等。

其實針灸對諸如失眠等亞健康狀態、神經衰弱、更年期綜合征、胃脘痛、腹痛，甚至泄瀉、便秘也有較好療效，也常用于青少年近視、婦女月經不調、痛經、小兒遺尿等。

在特殊情況下，針灸還可用于中暑、虛脫、急性疼痛等急癥。國內就規定醫院急救車內必須配有針灸針，以便在搶救病人時用于刺人中穴。

在國內外針灸還廣泛應用于減肥、戒煙、美容、延緩衰老等。