到了明代，伊斯蘭教終于有了比較固定的稱呼 “回回教門”、“回回教”，或略稱之為“回教”。從此，中國把伊斯蘭教稱?“回教”。

大家知道，朱元璋是以“驅(qū)逐胡虜，恢復中華”相號召而開展反元斗爭的。他本人當過和尚。朱明王朝建立以后，初期的政治氣氛對于作為“色目人”主要成員穆斯林顯然是不利的。洪武元年（公元1368年），太祖頒布詔布，“復衣冠如唐制”，禁止辮發(fā)、椎髻、胡服、胡語、胡姓。明初還曾明令禁止閩南蒲壽庚后代入仕為官。蒲壽庚系穆斯林，宋理宗年間（公元1225－1264年），授泉州提舉市舶（相當于今海關(guān)總署長）。入元后，因助元滅宋有功，曾官至江西行省左丞。朱元璋建明朝以后，因以蒲壽庚為代表的閩南穆斯林曾幫助元朝統(tǒng)一中國，朱元璋借此復得分復仇，致使這一帶的穆斯林從此衰落，被同化。《明律》規(guī)定，色目人不得同類自相嫁娶，如果違犯，打80杖，男女入官?奴。這條規(guī)定似乎難以貫徹，但它表明統(tǒng)治者較前不同的一種政治傾向。

在經(jīng)濟上，明初推行重農(nóng)政策。這使歷來以經(jīng)商為業(yè)的中國穆斯林受到歧視。農(nóng)民之家可以穿絹紗，而商賈之家只許穿布衣。

明朝實行嚴厲的海禁。成祖繼位，布告天下25條施政綱領(lǐng)，其中有一條就是實行海禁。對于外斬朝獻，明政府也予以限制，有的規(guī)定三年一貢，有的規(guī)定五年一貢，而且人數(shù)有定額。“自是朝貢遂稀”。這不利于中國伊斯蘭教同伊斯蘭世界的聯(lián)系。

在農(nóng)民義軍推翻元朝統(tǒng)治的時候，元宗室退回漠北。可以想象，穆斯林退到漠北的也不會少。那些留居下來的穆斯林，由于社會地位的改變，外部壓力的加大，內(nèi)聚力增強了。于是，回族開始形成。回族的形成是中國伊斯蘭教發(fā)展史上的一個里程碑，具有重要意義。隨著回族的形成，中國伊斯蘭教有了一個堅實的社會載體。

回族的形成是散點式的，多族源的，多地源的。就族源而言，回族先人包括阿拉伯人和波斯人等中亞人，在形成過程中，還大量地融進了漢、蒙（主要是漢）等族成分。就地源而言，回族并不是在某一地區(qū)形成后而散居全國的，在形成時就是多地源、散點式的，西北、中原、東南、云南、海南都是回族發(fā)祥地，這些地方的回民相互之間幾乎不存在血緣的、經(jīng)濟的聯(lián)系。現(xiàn)在，泉州、海南、中原地區(qū)一些回族家族的族譜一直追溯到元代，是元時由國外遷入當?shù)氐摹６�海南的一些回族家族，�?jù)史書記載其遷居此地又可上溯到宋代，來自古占城者居多。這是回族形成時的最大特點：散發(fā)式。那?，他們形成民族時的共性是什么呢？一句話，是伊斯蘭教。而這個民族在后來的發(fā)展中把漢語作為共同語言，則是回族的另一個特點。

唐、宋、元留居中國內(nèi)地的穆斯林是形成回族的基本成分。在回族形成的過程中，伊斯蘭教起了決定性的作用。而回族的形成又促進了中國伊斯蘭教的發(fā)展。