中醫“五運六氣學說”是根據疾病發生的季節，來判斷疾病病因病機轉歸及治療的一門學問。

在干支紀年中，一個花甲子有60年，其中十年是屬“未羊”、“丑牛”的年份。中醫“五運六氣學說”認為，大凡是未羊、丑牛年份的“二之氣”火熱主氣之月，發生瘟疫流行的幾率均較大，即公歷3月21日至5月21日這段時間內。

如《素問·六元正紀大論》所言“二之氣，大火正……其病溫厲大行，遠近咸若”。這里“溫厲大行”就是指瘟疫大范圍流行，“遠近咸若”是指不論距離遠近瘟疫所表現之癥狀均相似。巧合的是，上一個“未年”的二之氣正是“非典”流行之高峰期，二之氣后6月始“非典”之發病開始呈下降趨勢。今年又值“丑牛”之年，而“二之氣”時令季節，恰逢甲型H1N1流感之流行。

按照“五運六氣學說”，今年流行之瘟疫病因、病機，是客氣君火加臨于主氣君火之上，兩火相并克伐肺金所致。但今年和“非典”流行之年的干支不同，“非典”是“癸未”年，今年是“己未”年，而“己未”年是“太乙天符”之年，所謂太乙天符是指，該病邪是由天干五運之邪氣、地支六氣之邪氣以及地支“太歲”之邪氣三合而成，故致病性極強。《素問·六微旨大論》指出“太乙天符為貴人，……中貴人者，其病暴而死”，而今年甲型H1N1流感疫情之死亡病例符合“暴死”之特點。

對于這樣的瘟疫，“五運六氣學說”在《素問·至真要大論》中指出了其治療原則：“少陰之勝，治以辛寒，佐以苦咸，以甘治之”。故防治甲型H1N1流感可選擇中藥藥性屬于辛寒、苦寒、咸寒、甘寒類藥物。以辛寒為君藥，可選擇生石膏、魚腥草、夏枯草、半邊蓮等。苦寒藥物為佐藥，如連翹、黃芩、黃連、黃柏、知母等。以甘寒為臣藥，如金銀花、蘆根、生甘草、太子參、西洋參、麥冬等。

遍考中醫溫病八大名著，唯獨清代余師愚《疫疹一得》三方最符合“少陰之勝，治以辛寒，佐以苦咸，以甘治之”之處方原則，這就是：敗毒散、涼膈散、清瘟敗毒飲。且其治療之瘟疫癥狀除發熱、頭身疼痛等上呼吸道癥狀表現外，還包括“眼赤”“吐瀉”等癥，與“豬流感”癥狀表現極為相似。

做為預防性及治療性用藥，還可選擇中成藥，如“銀翹解毒片”、“清開靈”、“六神丸”“羚羊清肺丸”等。

參考“非典”在6月間逐漸得到控制的事件看，對于本病之預防重點應該是《內經》所說的“虛邪賊風，避之有時”。因為“五運六氣學說”指出未、丑年份瘟疫流行時間主要集中在“二之氣”，今年是3月20日至5月21日這段時間內。所謂“虛邪賊風，避之有時”就是指這一時期盡量減少聚會，避免到人群聚集之地及疫區，以切斷傳播途徑。

由于運氣學說認為今年瘟疫之病機為火熱爍肺，而中青年人員大多火熱內盛，屬于易感人群。故中青年人員預防本病時，除用辛寒、苦寒、咸寒、甘寒類中藥泡茶飲預防外，重點是飲食清淡，少食牛羊肉、海鮮、辣椒等升發、上火之食物。而豬肉、鴨肉之熟食性寒，不在禁忌行列。食物中綠豆、百合、海帶、紫菜、大米等均是性涼之品，對于素體胃寒，不耐寒涼中藥者，可選用。對于素有便閉習慣的中青年人群，晨起，特別是晨練前，可飲一杯淡鹽水或蜂蜜水，清涼降火。同時中青年人群應避免熬夜以免妄動心火、耗傷肺陰。