尚無特效藥物。人感染高致病性禽流感的治療與普通流感相同，主要為抗病毒治療，預防并發癥及對癥治療。

現已有2類抗流感病毒藥物獲準上市，一是離子通道M2阻斷劑金剛烷胺（amantadine）、金剛乙胺（rimantadine）；另一是神經氨酸酶抑制劑奧司他韋（oseltamivir）、扎那米韋（zanamivir）。金剛烷胺和金剛乙胺的用量為每日100-200mg，可抑制流感病毒的復制。神經氨酸酶抑制劑具有對抗禽流感病毒的N蛋白的活性，奧司他韋的用量為每日150mg，對禽流感病毒H5N1、H9N2亞型均有抑制作用。抗流感病毒治療在發病48小時內應用有效。如果流行毒株已發生突變和產生耐藥，金剛烷胺可能無效。抗病毒藥可減輕病情，縮短病程。主要用于密切接觸者的預防和流感早期治療，對有合并癥的流感療效較差，對全身性感染幾乎無數。中醫藥治療原則為清熱、解毒、化濕、扶正祛邪。

重癥患者應積極預防和治療并發癥，加強血氧飽和度和氧分壓監測，呼吸困難者應給予氧療，如在吸氧的情況下，血氧飽和度仍低于92%者應考慮使用輔助呼吸。注意保護心、肝、腎等重要臟器的功能，轉氨酶升高者應給予保肝治療。