孩子陰莖短小，有真假之分，真性陰莖短小癥常見有真、假兩性畸形、陰莖缺如和真性陰莖短小癥三種。假性陰莖短小以隱匿性陰莖最為多見。
    隱匿性陰莖是一種常見的先天發育異常和畸形性疾病，和小兒包皮過長或包莖是有區別的。大家知道，男嬰出生后，陰莖包皮總是包繞著陰莖頭，到了３－４歲時，大部分兒童的包皮能自行上翻，陰莖頭外露。如果此時包皮仍不能上翻或包皮口很細小，才稱之為包皮過長或包莖。隱匿者，其陰莖體縮藏于體內，凸出外面的只有尖尖的小包皮。如果用手將陰莖皮膚向內擠壓，陰莖體就會顯露出來，但手稍一放開，陰莖體又回縮了。因此，有人把它叫做埋藏式陰莖。隱匿陰莖盡管其外形酷似包皮過長，然而它們卻是兩種完全不同的疾病，這是因為隱匿性陰莖的外層皮膚不是過長，而是太短，其陰莖體并不小而是正常的。它的發生原因有三種，其一、陰莖皮膚發育不良、過短；其二、包皮腔過小；其三、陰莖皮膚沒有包著陰莖海綿體，導致陰莖海綿體無支撐而回縮體內。隱匿性陰莖如果不做手術，任其長此隱匿，不能外伸，陰莖體發育就會受到限制。因此，隱匿陰莖一定要在一定年齡內（３－５歲）給予矯治。
    隱匿性陰莖的治療方法和包皮過長的治療方法完全不同，后者要切除過長的包皮（即包皮環切術），而隱匿陰莖的治療方法則要做包皮口擴大進而延長陰莖皮膚的手術，而且，還要把陰莖海綿體從肚子里“牽”出來，加以良好固定，以使陰莖恢復正常的生理解剖形態，從而達到有利于陰莖發育的目的。然而，如果把隱匿性陰莖誤診為包皮過長而施行包皮環切手術的話，結果將導致本來就短缺的陰莖皮膚變得更加短缺，而且，術后的陰莖海綿體一旦失卻了皮膚的附著和保護，陰莖體發育就會越發受到抑制。
    因此，患有陰莖短小癥的兒童，家長一定要把他帶到設有小兒外科的醫院去就診，讓小兒外科醫師檢查，確診，以便選擇正確的手術方法，以免誤診誤治。