在醫學領域，很多研究者認為，形成陰莖短小的原因是多種多樣的，有先天的因素，也有后天的因素，遺傳基因的影響最為根本，常見原因如下：

1)在母體懷孕期間因藥施用不當，影響雄性激素的分泌，先生不足;

2)缺乏健壯性機能的營養和原素，形成先天發育不良;

3)青少年發育期間，攝入的鋅原素、雄性激素、維生素E和相關蛋白營養不足，缺乏后天能量補充，起不到壯大性器官的作用;

4)內體寒、怕冷、體內陽氣不足，致使陰莖不能完全凸出，有部分內縮于腹內;

5)性生活過度，身體虛弱或在青少年剛發育期間手淫過頻，使腎臟在發育時無能量去壯大發育性器官，形成陰莖短小;患有睪丸炎、隱睪癥、睪丸發育不全等癥及內分泌不平衡，雄性激素不足;

6)包皮過長，缺乏生長的必要空間，陰礙陰莖的發育生長。陰莖短小對性生活的影響

陰莖短小對男性性生活的影響并不是絕對的，有極個別男子的陰莖太短，確實會影響性生活。

第一種稱為小陰莖，多見于15—25歲的青年，常伴有第二性征發育不良，例如睪丸太小、沒有胡須、陰毛、腋毛，喉部較平等。這是由于體內缺乏雄激素所造成的。

雄激素缺乏有先天性和后天性兩類。先天性缺乏是在孕期內胚胎階段已發生，一般在出生后就會被發現。后天性缺乏是由于染色體或內分泌系統障礙所致，往往要到青春期，陰莖不能發育，遲遲未出現第二性征時才引起注意。但這類患者卻又要在青春期內治療才有效果。如果在20歲前后才發現性發育不良而求治，此時全身發育己成熟定型，再讓陰莖長大就較困難。

第二種稱為陰莖短小。陰莖勃起長度一般不超過5 CM;很難性交。但睪丸發育正常，陰毛、胡須等第二性征存在。本病的病因未明，一般認為與妊娠6—9個月期間雄激素過少有關，需去醫院檢查治療。

第三種是肥胖者的“陰莖短小”。這其實只是一種假象，因為肥胖者下腹部恥骨聯合前的皮下脂肪堆積，使陰莖大部分埋藏于皮下脂肪內，僅外露一小部分，粗看起來確實短一截。但是只要將陰莖周圍組織后推，仍可露出陰莖的全貌。肥胖會造成性器官接觸不良而影響性交，甚至陰莖無法進入陰道。這就要在專科醫師指導下，采用特殊體位，便可獲滿意的性生活。

有關專家最后強調指出，對于影響個人性生活的陰莖短小者，如果又對個人的性生活比較在意，可以考慮做陰莖延長手術或陰莖假體手術治療。