隨著兒童孤獨癥患病率的直線上升，兒童孤獨癥如何治療是大眾比較關注的問題。對于孤獨癥兒童而言，現在還沒有什么有效的藥物或者手術的治療手段，可以通過自然教育、行為取代治療等對孤獨癥兒童進行康復訓練。
1.自然教育：對于孤獨癥兒童的培訓，應該是在一種不受人為干擾的環境下進行，并且盡可能的讓孩子參與到培訓中來，起到一個好的示范和加強的效果。通過對患者進行如上廁所、買東西、吃飯、社交等一些基本的社會生活與學習技巧的培訓，減輕患者在社交方面的困難，讓患者能夠實現基本的生活自理，部分兒童還可以重返社會。
2.行為取代治療：指以積極的、有意義的行為取代消極的、無意義的行為。比如說，孤獨癥孩子重復撕紙的行為，就可以用玩具來代替，這樣就能避免重復撕紙這種沒有意義的行為，還能提高孩子的手的靈活性，還能開發孩子的大腦。教師和家長可以通過指導患者學習表達需要的基本語言，來代替不恰當的行為。
孤獨癥兒童還可能有其他治療方法，建議家長了解兒童孤獨癥如何治療后，及時前往醫院就診，完善檢查明確病因后，給予針對性處理或治療。