四川大學華西第二醫院是西部地區唯一的國家衛生計生委委管的三級甲等婦產兒童專科醫院。兒科下設新生兒科、兒童神經科（神經/康復專業）、兒童消化科、兒童腎臟/內分泌科（腎臟、內分泌專業）、兒童呼吸科、兒童心血管科、兒童血液/腫瘤科（含免疫專業、造血干細胞移植病房）、兒童感染科、兒童保健科和兒童重癥醫學科等亞專業。兒科現有床位360張，病房面積約10437m2，年門急診量逾100萬人次。兒童心血管科和血液腫瘤科為衛計委兒童先心病和白血病診療的區域性（云、貴、川、渝、藏）醫療中心，心血管科每年完成先心病介入治療600多人次；血液腫瘤科干細胞移植的技術迅速，每年完成約30例。