很多患者不知道兒童孤獨癥是什么原因，兒童孤獨癥可能跟腦損傷、先天性生理缺陷、遺傳因素，家庭教養方式，媽媽懷孕期間吃了藥等因素有一定關系。
1、腦損傷：腦損傷可能會造成自閉癥，主要是生產過程中引起的，主要是因為早產、難產或是新生兒腦損傷，在嬰兒期間感染腦炎或腦膜炎也有一定的關系。
2、先天性生理缺陷：認為本病與先天性生理缺陷有一定關系，由于生理缺陷使孩子自卑、不愿與人相處，以致產生孤獨。
3、遺傳因素：有幾十種基因變異都會導致孤獨癥。具有相同遺傳基因的孩子，比如孤獨癥兒童的弟弟妹妹，再得孤獨癥概率明顯大于沒有孤獨癥的弟弟妹妹們。
4、家庭教養方式：如果家長不能理解孩子的需要，打擊孩子，孩子的心理需要得不到滿足后可能會出現兒童孤獨癥。
5、媽媽懷孕期間吃了藥：如果母親在懷孕時使用抗抑郁藥物，可能會導致孩子患自閉癥。
6、其他：教育內容不符，嚴重缺乏注意，體罰或者精神虐待，社會性需要受挫等都會成為兒童孤獨癥成因。
了解兒童孤獨癥是什么原因之后，需要及時規避原因，以免患上此病。