巧克力囊腫是子宮內膜異位癥的一種，所以術后易復發，建議用中藥調理預防同時治療子宮內膜異位癥。
中醫藥治療：中國歷代中醫學者在運用中醫中藥治療該病積累了豐富的經驗，子宮內膜異們癥屬中醫“痛經”、“癓瘕積聚”、“不孕”范疇，《諸病源侯論》日：“婦人月水來腹痛者，由勞傷氣血以致體虛，風冷邪氣客于胞絡，損傷沖任之脈”等。中醫對此病治療一般采用辨證施治手段，本著標本兼治為原則。治療多以活血化瘀、理氣止痛、軟堅散結為主，調整機體的內環境，祛除產生該病的內因，同時溫經活血祛瘀使月經正常來潮，痛經逐漸消失，異位包塊、結節、巧克力囊腫（即為中醫所說的“癓瘕積聚”）內瘀血的逐漸溶解、吸收各消散。服藥期間月經正常來潮，同時有促進卵泡生長及促排卵作用，故可以幫助患者受孕，而受孕又是治療該病的最佳方漢之一。
常用藥“桂苓消瘤丸”
子宮內膜異位癥注意事項

1、注意調整自己的情緒，保持樂觀開朗的心態，使機體免疫系統的功能正常

2、要注意自身保暖，避免感寒著涼

3、月經期間，禁止一切劇烈體育運動及重體力勞動。

4、如已查出患有子宮內膜異位癥，卵巢巧克力囊腫大于6cm以上者，在月經期或月經中期一定要注意保持情緒穩定，避免過度勞累，一旦囊腔內張力突然升高時，囊壁破裂，會形成急腹癥。

5、盡量少做人工流產和刮宮，做好計劃生育。

6、月經期要做好自身的保健，注意控制自己的情緒，不要生悶氣，否則會導致內分泌的改變。

7、女孩子青春期要避免受驚嚇，以免導致閉經可形成溢流。