流感病毒屬正粘病毒科系RNA病毒病毒顆粒呈球形或細長形、直徑為80～120nm有一層脂質囊膜。膜上有糖蛋白纖突是由血凝素（H）和神經氨酸酶（N）所構成，均具有抗原性血凝素促使病毒吸附到細胞上故其抗體能中和病毒免疫學上起主要作用；神經氨酸酶作用點在于細胞釋放病毒故其抗體不能中和病毒但能限制病毒釋放縮短感染過程。
流感病毒的核酸是8個片段的單股RNA核蛋白質上有特異性可用補體結合試驗將其區分為甲乙丙三型抗核蛋白質的抗體對病毒感染無保護作用，除核蛋白質外核心內還有三個多聚酶蛋白（P1P2P3）其性質不明核心外有膜蛋白（M1M2）和脂質囊膜包圍。
甲型流感病毒變異是常見的自然現象主要是血凝素（H）和神經氨酸酶（N）的變異血凝素有，H1H2H3而神經氨酸酶僅有N1N2有時只有一種抗原發生變異有時兩種抗原同時發生變異。例如1946～1957年的甲型流行株為（H1N1）1957～1968年的流行株為（H2N2），1968年7月香港發生的一次流感流行是由甲（H3N2）毒株引起，自1972年以來歷次流感流行均由甲型（H3N2）所致與以往的流行株相比抗原特性僅有細微變化但均屬（H3N2）株自1976年以來舊株（H1N1）又起稱為“俄國株”（H1N1）在年輕人中（尤其是學生）引起流行甲型流感病毒的變異系由于兩株不同毒株同時感染單個細胞造成病毒基因重新組合使血凝素或/與神經氨酸酶同時發生變化導致新型的出現稱為抗原性轉變（antigenic shift）例如在人群中流行株的血凝素基因與鳥型流感病毒基因重新組合；另一種稱為抗原性漂流（antigenic drift）由于在免疫系統壓力下流感病素通過變異與選擇而成的流行株主要的改變在血凝素上氨基酸的替代1968年以來的HN各流行株都是如此
Webster RG等1993年報導：根據8株甲型流感病毒RNA片段的核苷酸序列種素分析人類宿主的甲型流感病毒來自鳥類流感病毒基因庫作者對意大利豬群中循環的經典H1N1株鳥型H1N1株和人類株進行種系分析發現基因重組是在歐洲豬群中鳥類與人類病毒間進行作者認為歐洲豬可能作為人類與鳥類宿主的流感病毒基因重新組合的混合場所因此提出下一次世界大流行可能從歐洲開始
【發病機理】
帶有流感病毒顆粒的飛沫（直徑一般小于10μm）吸入呼吸道后病毒的神經氨基酸酶破壞神經氨酸使粘蛋白水解糖蛋白受體暴露糖蛋白受體乃與血凝素（含糖蛋白成分）結合這是一種專一性吸附具特異性它能被血凝素抗體所抵制在人的呼吸道分泌物中有一種可溶性粘液蛋白也具有流感病毒受體也能結合血凝素從而抵制病毒侵入細胞但只有在流感癥狀出現后呼吸道粘液分泌增多時才有一定的防護作用病毒穿入細胞時其包膜丟失在細胞外在感染早期流感病毒RNA被轉運到細胞核內在病毒轉錄酶和細胞RNA多聚酶Ⅱ的參與下病毒RNA被轉錄完成后形成互補RNA及病毒RNA合成的換板互補RNA迅速與核蛋白體結合構成信息RNA在復制酶的參與下復制出病毒RNA再移行到細胞質中參加裝配核蛋白在細胞襞內合成后很快轉移到細胞核與病毒RNA結合成核成熟前各種病毒成份已結合在細胞表面最后的裝配稱為芽生局部的細胞膜向外隆起包圍住結合在細胞膜上的核衣殼成為新合成的有感染性的病毒體此時神經氨酸酶可水解細胞表面的糖蛋白釋放N-乙酰神經氨酸促使復制病毒由細胞釋放散感染到附近細胞并使大量呼吸道貌岸然纖毛上皮細胞受染變性壞死和脫落產生炎癥反應臨床上可出現發熱肌肉痛和白細胞減低等全身毒血癥樣反應但不發生病毒血癥
單純堿型流感的病理變化主要是呼吸道纖毛上皮細胞膜變性壞死和脫落起病4～5天后基底細胞層開始增生形成未分化的上皮細胞2周后纖毛上皮細胞重新出現和修復流感病毒肺炎型則有肺臟充血和水腫切面呈暗紅色氣管和支氣管內有血性分泌物粘膜下層有灶性出血水腫和細胞浸潤肺泡腔內含有纖維蛋白和滲出液呈現漿液性出血性支氣管肺炎應用熒光抗體技術可檢出流感病毒若合并金黃色葡萄球菌感染則肺炎呈片狀實變或有膿腫形成易發生膿胸氣胸如并發肺炎球菌感染可呈大葉或小葉實變繼發鏈球菌肺炎桿菌感染時則多表現為間質性肺炎