衣原體淋巴肉芽腫是種性病，在臨床上一般需要做下面的檢查，就能確診。

1.衣原體直接鏡檢和培養 針刺有波動感的淋巴結取得標本。涂片以姬姆薩、碘或熒光素標記抗體染色，鏡下找衣原體和包涵體，但診斷成功率低;接種于發育的雞胚卵黃囊或注入含單層McCoy細胞(Hela-229細胞、L929細胞、BHK-21細胞)恒溫離心，培養后找包涵體。細胞培養和核酸擴增技術是衣原體檢測的金標準。

2.Frei試驗 用淋巴結膿液或猴體內分離培養制備的抗原，皮內注射，48h觀察結果。該試驗歷史上對LGV的診斷有過價值。

3.血清學檢查 補體結合實驗(CF)敏感性高于Frei試驗，但各種血清型的衣原體有交叉反應，活動性LGV感染CF滴度可達1∶64或更高，血清抗體可持續多年，檢測結果結合臨床表現，有助于診斷。微量免疫熒光試驗(MIF)的敏感性和特異性更高，還可用來測定感染菌株的血清型別，高滴度衣原體L1-3抗體對診斷急性LGV有價值。

4.聚合酶鏈反應(PCR) PCR主要通過檢測沙眼衣原體質粒或外膜蛋白(MOMP)DNA序列以明確各種血清型的衣原體感染，有很高的敏感性。在LGV，研究已表明，對于生殖器潰瘍和淋巴結病變常由多種病原(包括HIV)造成的地區，PCR用于診斷LGV有其優勢。

組織病理：淋巴結病理學檢查對LGV是非特異性的，但有助于排除其他疾病。LGV淋巴結典型表現為感染性肉芽腫伴星狀膿腫：中央壞死由淋巴細胞、內皮細胞和白細胞碎片組成，周圍包繞有上皮樣細胞帶。