北京大學第一醫院作為北京知名綜合醫院，其男科中心在公立醫院的男科中也相對排名較高。
北大醫院男科中心隸屬于北京大學第一醫院，是集醫療、教學、科研為一體的新建科室。中心在郭應祿院士的倡導和支持下，針對目前男性疾病診治需求迅速增加但專業水平發展相對滯后的現狀，為提高我國男科學專業的學術水平和臨床診療水平，經北京市衛生局批準后建立。
以郭應祿院士為首的泌尿外科男科學高級專業技術人員（醫學博士，副教授以上學位和職稱）為男科中心的核心力量；外聘大量國內外男科界著名專家教授長期坐診；與國際著名男科學專家建立顧問和咨詢網絡，與國內各大學泌尿外科男科學專家建立協作關系。
主要兩大類科室，臨床科室：設有男科特需門診、男科專家門診、男科普通門診、女性咨詢門診、門診男科疾病治療室（生物反饋、激光、場磁療）、住院病房、手術室；醫技科室：設有藥劑科、檢驗科、心電圖室、超聲室、放射科、尿動力學檢查室、男女性功能檢查室、電生理室、骨密度檢查室、門診膀胱室。
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