內科治療包括一般療法、對癥治療、抗菌(抑菌)治療以及中藥治療、食餌療法。
一般治療：大量飲水，盡可能使每日尿量維持在2000～3000mL以上。在結石多發地區，每日尿量少于1200mL時，結石生長的危險性顯著增大，為了保持夜間尿量，睡前飲水，睡眠中起床排尿后再飲水。大量飲水配合利尿解痙藥，可促使小的結石排出。稀釋尿可能延緩結石增長速度和手術后結石的再發。特別是對于感染性腎結石，多飲水、勤排尿可促進細菌的排出，有利于感染的控制。在腎絞痛時，多飲水有時雖可加劇絞痛，但如配合針灸和解痙藥物，可幫助結石排出。
對癥治療：在腎絞痛時，可采用肌肉注射杜冷丁50mg或與異丙嗪25mg并用，癥狀無好轉時，每4小時可注射一次。嗎啡10mg和阿托品0.5mg合用也可解痙止痛。針刺療法強刺激腎俞、京門、三陰交或阿是穴也有解痙止痛的效果。腎區局部熱敷可減輕疼痛。惡心嘔吐嚴重時，應靜點葡萄糖和生理鹽水以補充液體和電解質，酸中毒時，予5%碳酸氫鈉。
抗(抑)菌療法：腎結石直徑在0.7～1cm以下，表面光滑，有時用內科治療有效，目前尚無滿意的溶石藥物。通常需使用對細菌敏感的藥物，其次酸化尿液，可使用氯化銨3～9g/ d，分3次口服，孟德立胺1g，每日4次，既可酸化尿液，又可殺滅或抑制感染細菌，兩藥常并用。
選用適當的抗菌藥，對控制存在的尿路感染、外科取石的術前尿路消毒及術后根治細菌尿、防止結石的重新形成，都有重要意義。引起感染性結石的常見致病菌是奇異變形桿菌，故宜首先選用氨芐青霉素，其次，可選用氨基甙類抗菌藥。對頑固的病例，亦可考慮用氨基甙類加四環素類、廣譜青霉素類或頭孢菌素類。在充分注意到抗菌藥毒性的前提下，抗菌藥的劑量應盡可能大，這樣才能肅清結石內的細菌。若頻繁復發或經整個療程的抗菌治療仍未能肅清尿中細菌時，宜作一個時期的長療程法。此外，手術后亦應用6～12個月的抑菌療法以增加治愈率。
乙酰氧肟酸(AHA)為尿素酶抑制劑，能抑制細菌的尿毒酶分解尿素，因而，可以降低尿氨和重碳酸鹽濃度，降低尿pH值，從而防止磷酸銨鎂和磷灰石結晶及沉淀。動物模型證實，抑制氨生成時，變形桿菌的毒力大為減弱，尿液酸化，有利于溶解結石或減慢結石的形成。用量一般為0.75g/d，分3次服，結合抗生素可提高療效，但血肌酐超過265μmol/L(3mg/dl)者禁用。