手術(shù)治療是治療感染性腎結(jié)石的重要措施，應(yīng)勸病人盡早手術(shù)，但手術(shù)治療是有其適應(yīng)癥的，它包括：①反復(fù)發(fā)作腎絞痛，估計不能排出或不能溶解的腎結(jié)石；小結(jié)石短期內(nèi)未排出或直徑0.8cm以下者，腎功能良好和無明顯感染者，可采用中西醫(yī)結(jié)合內(nèi)科治療，但對于腎結(jié)石直徑超過1cm者，非手術(shù)治療則較難排出。②合并嚴重梗阻，嚴重感染危及腎實質(zhì)；尿路感染與梗阻互為因果，結(jié)石在梗阻和感染的情況下增大迅速，幾周內(nèi)便可形成一鹿角形大結(jié)石。上述情況均應(yīng)盡早手術(shù)取出結(jié)石，糾正梗阻，控制感染，有手術(shù)指征而延緩手術(shù)，術(shù)后結(jié)石復(fù)發(fā)率高，甚至失去腎功能。手術(shù)適應(yīng)癥還包括急性梗阻性無尿或少尿、無功能的膿腎、結(jié)石引起的癌變等情況。
近10年來，由于手術(shù)術(shù)式改良，操作熟練，對大的腎結(jié)石和雙側(cè)鹿角形結(jié)石，更應(yīng)該盡早手術(shù)，保存和改善腎功能。目前，絕大多數(shù)復(fù)雜性腎結(jié)石手術(shù)，均能夠通過廣泛剝離腎竇切開取石，手術(shù)損傷小。縱使個別需要做腎切開取石，術(shù)時阻斷腎蒂血管，采用靜脈注射肌苷(阻斷腎蒂前10分鐘、4~7分鐘內(nèi)靜脈滴注肌苷2g，加入5%葡萄糖液40mL)或低溫，可保護腎功能。加上改良了的無萎縮性腎切開取石術(shù)式的開展，效果良好。當(dāng)然，個別雙側(cè)復(fù)雜性腎石，全身情況差，估計術(shù)后難以改善腎功能和維持生命，便不能貿(mào)然施行手術(shù)。
近年來，有人提倡體外腎切開取石術(shù)，我們認為：本術(shù)式的病例極罕見，在一個有感染的腎臟切開取石作腎自體移植術(shù)，血管吻合處容易發(fā)生感染，造成術(shù)后血管意外，腎臟功能喪失，故采用本術(shù)式應(yīng)慎重。
復(fù)雜性多發(fā)性腎結(jié)石，術(shù)后殘余結(jié)石高達20%。近年來，中山醫(yī)科大學(xué)葉任高教授研制的牛凝血酶加牛血漿凝固性腎盂切開取石術(shù)，大大降低了術(shù)后殘余結(jié)石的發(fā)生率。