南京鼓樓醫院生殖醫學中心是江蘇省婦幼保健重點專科，國家衛生部首批批準開展人類輔助生殖技術 5 家單位之一。生殖醫學中心依托國家重點學科南京大學醫學院附屬鼓樓醫院產科，以提升人類生殖技術為宗旨，以生殖醫學中心為研究基地，集中和凝聚生殖醫學中心、男科、產科與產前診斷中心的人才資源，立足于人類生殖研究的科學前沿，進行基礎研究和應用研究，科研與臨床相結合，爭創國際一流的成果。鼓樓醫院生殖醫學中心位于中山北路，醫療用房面積 6000 m2，按衛生部要求設置輔助生殖技術手術室、凈化培養室、胚胎冷凍室等 20 多個功能室。
常規開展宮腔內人工授精技術 (IUI)、體外受精-胚胎移植 (IVF-ET)、卵細胞漿內單精子注射技術 (ICSI)、配子與胚胎凍融技術、胚胎種植前遺傳學診斷/篩查技術 (PGD/PGS)、卵子贈送技術、未成熟卵體外成熟培養技術 (IVM) 等一系列輔助生殖技術。在全國推廣本中心采用的同步化促排卵方案，提高了國內體外授精-胚胎移植的成功率。率先使用并推廣受精失敗患者早期補救性單精子卵胞漿內注射技術，該技術目前已成為國內體外受精的常規技術，為大多數生殖醫學中心所采用。誕生了江蘇省首例囊胚玻璃化冷凍與解凍后的臨床分娩，實現了胚胎冷凍保存技術的全胚胎期覆蓋。開發了用于優質胚胎篩選的胚胎動態評估方法。年接診不孕癥患者 12 萬余人次，體外受精-胚胎移植年周期數超過 5000 周期，臨床妊娠率一直保持 60% 以上，35 歲以下的患者臨床妊娠率可達 70% 。