在北京設有外科的公立醫院中，北醫三院是知名醫院。該醫院學科綜合，臨床重點學科豐富。
北京大學第三醫院（簡稱“北醫三院”）建于1958年，國家衛生健康委委管醫院，集醫療、教學、科研、預防保健、康復與健康管理為一體的綜合性三甲醫院。目前，在崗職工6226人。截至2020年9月，醫院平均開放床位數2264張。醫院設有37個臨床科室，10個醫技科室。
北醫三院脊柱外科是國內最強的學科，生殖醫學中心的治療方法最全面、規模是國際最大之一，中國大陸首例試管嬰兒在此誕生。運動醫學研究所是新中國最早成立、國內唯一的中國奧委會指定運動員傷病防治中心。眼科在眼外傷、角膜移植、白內障和青光眼等方面處于國內第一方陣；消化科在潰瘍病發病機制研究及治療、早期胃癌的診療等領域居國內前列；心血管內科在冠心病介入治療、心臟病人康復治療、心血管臨床與基礎協調發展等方面成績突出；成形科、職業病科是國內率先成立的臨床特色學科。
經過幾代人的共同努力，北醫三院已躋身國內三甲醫院第一方陣。醫院擁有20個國家臨床重點專科：骨科、藥劑科（臨床藥學）、病理科、專科護理、檢驗科、消化科、婦科、產科、職業病科、耳鼻喉科、心血管分子生物學與調節肽重點實驗室、呼吸內科、神經內科、普通外科、泌尿外科、眼科、麻醉科、康復醫學科、成形科（整形外科）、運動醫學科。婦產科為國家婦產疾病臨床醫學研究中心，產科、康復醫學科為國家產科專業、國家康復醫學醫療質量管理和控制中心。
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