肛瘺一般有急性肛門直腸周圍膿腫的病史。膿腫自破或經手術切開排膿，從肛門皮膚外口或肛門內流膿，這些都是診斷肛瘺的主要標志。

1、望診

可見外口常在肛門周圍皮膚上或臀部形成一突起或凹陷。周圍皮膚因膿液刺激，常有脫皮發紅，有時有肉芽組織由外口內突出。周圍皮膚紅紫色，多為結核性瘺管。

2、觸診

低位肛瘺之瘺管，在皮下可以摸到繩狀硬條，由外口行向肛門，用指按壓，有膿液由外口流出。

3、直腸指檢

常在肛管后側、齒線附近可摸到中心凹陷的小硬結，有輕微壓痛，即是原發內口。

4、確定瘺管的深度與括約肌的關系

由于肛瘺的管道通過外括約肌和肛提肌，有時管道在內括約肌之間走行，手術中切開管道，必然要切開有關的括約肌。特別是通過肛門直腸環的瘺管，切開肛門直腸環，術后會引起肛門失禁。因此在檢查中必須弄清瘺管走行與肛門括約肌的關系。

5、確定瘺道主體與支體的變化

在肛瘺檢查中，不能單純從內口的數目，或瘺管是直的還是彎曲的，或者從病變的一個平面上了解病變的全貌;有時從肛門外部看，僅一個外口，癥狀也不明顯，但可能是瘺管很深，內口尋求比較困難的復雜性肛瘺;有時瘺外口較多，肛門皮膚病變較大，但其主管很低，屬于容易處理的簡單肛瘺。因此對肛痿的診斷要具體細致。

6、全身檢查

肛瘺雖然表現為局部病變，但也與全身情況或某些疾病相聯系，絕不能忽視全身檢查。活動性肺結核患者發生肛瘺，往往為結核性肛瘺，且術后創口愈合較慢;骶髂骨結核患者發生的肛瘺，有可能是骨結核所引起的;非特異性潰瘍性結腸炎，有時也因并發肛門膿腫，破潰后形成肛瘺等。對復雜性肛瘺更應注意全身檢查，必要時作細菌培養和抗生素敏感試驗，并注意血沉、血象變化。或進行肛門括約肌功能測定。

對某些可疑病例，還應作活組織病理檢查，以確定肛瘺的性質，并要特別觀察有無癌變。