胃內容物長期刺激食管粘膜就會引起其發生變化，也就是進入癌前病變。在食管粘膜修復的過程中，鱗狀上皮被柱狀上皮取代稱之為Barrett食管，是食管腺癌的主要癌前病變，導致腫瘤的出現，如食管下段腺癌、賁門癌，我國賁門癌的發生率較高，目前認為與胃食管反流的長期刺激有關系。