關于新生兒黃疸的病因病機，中醫從濕熱蘊結、脾胃虛寒、瘀積發黃三方面來考慮。
(1)濕熱蘊結
由于孕母內蘊濕熱，傳入胎兒；或嬰兒胎產之時，出生之后感受濕熱邪毒而發。正如《證治準繩》所說：“皆因乳母受濕熱而傳于胎兒也。”《醫宗金鑒》也說：“兒生遍體色如金，濕熱熏蒸胎受深。”胎兒因其臟腑嬌嫩，形氣未充，脾運不健，感受濕熱之邪不能輸化，郁結于里，氣機不暢，郁蒸肝膽，以致膽汁外泄，出生后泛溢于肌膚面目，因而皮膚發黃。由于濕從熱化，熱重于濕，故黃色鮮明，常伴熱象，屬陽黃。如果熱毒熾盛，卒然發黃，邪陷厥陰，黃疸迅速加深，并伴神昏、抽風等證，則為急黃，見于高膽紅素血癥。
(2)脾胃虛寒
胎兒先天稟賦不足，脾陽素虛，陰寒內生，復受胎內孕母之濕所傳，或生后為寒濕所侵，蘊蓄脾胃，脾陽受困，寒濕阻滯，以致氣機不暢，肝失疏泄，膽汁外溢而發為黃疸。因為濕從寒化，黃色晦暗，精神疲軟，屬陰黃。清代《臨證指南醫案》說：“陰黃之作，濕從寒化，脾陽不能化濕，膽液為濕所阻，漬于脾，浸淫肌肉，溢于皮膚，色如熏黃。”
(3)瘀積發黃
小兒稟賦虛弱，濕熱內阻，氣機不暢，肝膽疏泄失常，以致氣滯血瘀，脈絡瘀積而發為黃疸。清代《張氏醫通》對此有所論述：“諸黃雖多濕熱，然經脈久病，不無瘀血阻滯也。”認為這種“瘀血發黃，大便必黑，腹脅有塊或脹”，臨床可見瘀積在里之癥，除面目皮膚發黃色深而暗外，還有肚腹膨脹，腹壁青脈怒張，脅肋下有積聚痞塊等證。