森田療法關于方法論和世界觀也有自己獨到的見解，方法論就是探討人生的哲學思想。通過對方法論和認識、實踐的規律的分解和剖析，能過從根源上對人有最直接的認識，能夠抓住根本性的東西，是最科學的方法。

1、無善惡陷入錯誤思想后，由此得出的善惡觀，完全是虛偽的，人為捏造的東西。善必須是真的。如果從自己純真的原本狀態出發，其中則無善惡。

2、睡夢中的有和無，有無相加等于無;迷惘的是與非，是非相加仍是非所謂迷惘，就是執著于自己，不能正確地進行觀察思維。無論是注意或是其他活動，都必須是順應著當時的客觀情況，自自然然地流動前進。人們常常是從自己主觀愿望出發，想要如此這般地硬加安排一番。由于未能照想象的情況進行，所以，往往又形成思想上的沖突，反倒陷入了思想矛盾，倘能順從個人精神上的自然流動狀態狀態就會既無沖突，也沒有痛苦了。

3、欲擁一波消一波，千波萬波相繼起脫離自我的客觀事物誰也能看清。自我判斷的時候因為是面對自己本身，所以自己很難弄明白。因此依靠自我的了解是不能治病的。水面上的波浪再也不能用自己本身的水波來消除。

4、思想矛盾(惡智)所謂思想矛盾是指“應該如此”的理論與“就是如此”的事實之間有矛盾。據森田說我們的主觀與客觀、情感與知識、理解與體驗經常互相矛盾。這是理性認識上的方法錯誤，它總是錯誤地認為憑著合理的、合乎邏輯的理性能夠解決不合情理的情感方面的問題，并試圖解決這類問題。

5、切莫拘泥于理論切莫把自己的情況機械地與理論對照，勉強用它來校正自己那里好那里不好。最好切莫如此。但愿能順應自然，保持安心經時度日的情緒就很好。要逐漸領會某種體驗，在此基礎上才能形成正確的理論。如果把理論放在首位，就必然要陷入錯誤一味深入迷霧之中。

6、事實與實踐人生的問題不能靠理論或理想來解決，而要靠事實和實踐。人需要吃飯、希望工作，而且不愿墮落。人生的過程在于順從自然。這沒有定規的人生，要以事實為事實，要順其自然地服從它。

7、事實為真只有事實才是真實的。它是以情緒為準則相對應的詞。對無能為力的客觀事實，就要承認自己無能為力。

從理論上分析，將認識與實踐的規律進行分解，能夠取得科學性的同時，讓更多的人折服，相信推廣起來就能夠更加的順暢。這種將心理問題與哲學思想結合的方式說明任何事物都是相互聯系的。