蓮子被《神農本草經》列為上品，蓮子又稱蓮實、藕實、蓮米、蓮肉等。蓮子以湘蓮為優，湘蓮歷來作為進貢朝廷的珍品，故又稱“貢蓮”。李時珍在《本草綱目》中寫道：“蓮之味甘，氣溫而性澀，清芳之氣，得稼穡之味，乃脾之果也。”

中醫認為蓮子性平味甘、澀，入心、肺、腎經，具有補脾、益肺、養心、益腎和固腸等作用，適用于心悸、失眠、體虛、遺精、白帶過多、慢性腹癥等癥。蓮子中間青綠色的胚芽，叫蓮子心，味很苦，卻是一味良藥。中醫認為它有清熱、固精、安神、強心、降壓之效，可治高燒引起的煩躁不安、神志不清和夢遺滑精等癥。蓮子居住的“房子”叫蓮房，又叫蓮蓬殼，能治產后胎衣不下、淤血腹疼、崩漏帶下、子宮出血等癥。還有一種“石蓮子”，又稱甜石蓮，是蓮子老于蓮房后，墮入淤泥，經久堅黑如石質而得名。臨床上常用于治療口苦咽干、煩熱、慢性淋病和痢疾等癥。

蓮子中的鈣、磷和鉀含量非常豐富，每公斤蓮子中含有蛋白質81.3克，脂肪9.8克，糖304毫克，鈣436毫克，磷1.397毫克，鐵 31.4毫克，還含有其他多種維生素、微量元素、荷葉堿、金絲草甙等物質，除可以構成骨骼和牙齒的成分外，還有促進凝血，使某些酶活化，維持神經傳導性，鎮靜神經，維持肌肉的伸縮性和心跳的節律等作用。豐富的磷還是細胞核蛋白的主要組成部分，幫助機體進行蛋白質、脂肪、糖類代謝，并維持酸堿平衡，對精子的形成也有重要作用。蓮子有養心安神的功效。

中老年人特別是腦力勞動者經常食用蓮子，可以健腦，增強記憶力，提高工作效率并能預防老年性癡呆的發生。蓮子心味道極苦，卻有顯著的強心作用，能擴張外周血管，降低血壓。蓮心還有很好的去心火的功效，治療口舌生瘡，助益睡眠。蓮子有益心補腎、健脾止瀉、固精安神的作用。然而，蓮子縱然有千般好處，也非人人皆宜，例如常常便秘的人就不太適合吃蓮子。