中醫認為，孜然氣味甘甜，辛溫無毒，具有溫中暖脾、開胃下氣、消食化積、醒腦通脈、祛寒除濕等功效。在《普濟方》中，就有用孜然治療消化不良、胃寒、腹痛等癥狀的記載。因此，胃寒的人平時可在炒菜或烤肉時放點孜然，以祛除胃中寒氣。

孜然生吃、熟吃均可。一般來說，香氣濃郁的熟孜然適合用食物蘸著吃，而炒菜、煎烤時宜用生孜然，以避免重復高溫導致香味消失。在吃法上，除了烤肉外，炒土豆絲、青椒等素菜時，都可以放一點孜然。

烹調時既可用整粒的孜然，也可將它磨成半整半碎的，或直接買孜然粉。整粒孜然在食用前，應先去除雜質，再用清水反復淘洗，然后晾干或烘干。存放時應放入瓶、罐中，以防時間過長香味揮發。

市場上常有人出售假孜然，辨別的方法是：將少量孜然放入水中，真的孜然應漂浮在水面，且水質保持清澈;如出現沉底、水質混濁等現象，則可能是假孜然。