鼠疫是古老的流行病，中醫對其有不同的辨證施治方法。其中用藥物來預防是平安不染時疫的良法。清代梁達樵在《辨證求真》指出：“平時用九節石菖蒲二分、銀花蕊六錢，煎水一盅，先服三分之一，將三分之二入蜜糖再服可也。何以先服再服，內有法道存焉。先服菖蒲、銀花，乃通內竅而辟穢，又嫌菖蒲過燥，不能多服，加入蜜糖再服潤燥解毒。若三味同服，又嫌蜜糖膩住穢濁，不能辟疫，是以一立法貴乎精。良方名銀蜜平安飲，可無疫癥傳染也。”

　　另外，也可平日里多飲茶水，多吃葛、薯、豆類食物。清末黎佩蘭在《時癥良方釋疑》中指出：宜多飲茶水，以滌血熱(龍井茶、山茶、豆角干、馬齒莧、桑寄生、馬蹄、蔗、苦瓜干皆可)。非獨有病為然，饑宜食粉葛、黎洞薯、赤小豆、生馬蹄(或磨爛蒸熟)、生地黃皆可，以少為貴，不饑則不必食。

　　并且，他還活用王清任的解毒活血湯，以此加減治療鼠疫，強調專病專治，（《匯編》化裁）：連翹3錢，柴胡2錢，葛根2錢，生地5錢，當歸1錢五分，赤芍3錢，桃仁8錢，紅花5錢，川樸1錢，甘草2錢，蘇木1兩5錢，石膏1兩，共12味藥。

　　另有張錫純之白虎加人參湯，其中又以山藥代粳米,再加玄參，治療鼠疫癥狀。

　　生石膏（三兩搗細）知母（八錢）玄參（八錢）生懷山藥（六錢）野臺參（五錢）甘草（三錢）共煎湯三茶盅，分三次溫飲下。

　　最近有研究顯示：選擇6種常用抗菌中藥，黃連、苦參、連翹、大黃、生地、知母，分別采用水提法制備至質量濃度1mg/L的藥液。經實驗發現，這類常用抗菌中藥對鼠疫菌都有一定的抑菌作用。