普濟消毒飲以芩、連為君，清熱解毒，臣以牛蒡子、薄荷、連翹、僵蠶，疏散風邪，佐藥為板藍根、馬勃、玄參、桔梗，清利咽喉，升柴為佐使之藥，升陽散火，引藥上行。

君藥為黃芩、黃連，可以清熱解毒，由芩、連聯合，偏重于上部，治療形成大頭瘟的根本原因，熱毒。

臣藥里面，牛蒡子、薄荷、連翹、僵蠶，向外有散風，疏散風邪的作用，同時還能夠解毒。增加君藥的解毒作用。同時使風熱疫毒之邪外散。

佐藥，板藍根、馬勃、玄參、桔梗，這一組有清利咽喉作用，有增強解毒作用，同時擅長于散結。針對紅腫熱痛，腫勢也比較堅硬的這種腫脹，甚至于嚴重的，目不能開，口不能張，咽喉不利，針對這些，既增強解毒作用，又能散結消腫。這種紅腫熱痛，溫病病邪搏結氣血，也會影響到津液的壅滯，到后來化為膿血的話，也是一種津血的一種腐敗結合造成的。所以用一點陳皮，可以化濕理氣。津液通暢了，有助于消腫。

佐藥升麻、柴胡，同時兼使藥意義，從佐藥意義上來講，它有升陽散火的作用，這種疫毒搏結氣血，是熱毒郁在局部，所以升散，升陽散火，用升麻、柴胡這個特點。這方里升麻、柴胡是小劑量。作為使藥，它可以引藥上行，上達頭面。因為它病變主要發生在上部。

甘草作為佐藥，能保護脾胃，因為整個方劑比較苦寒。從李東垣的原書普濟消毒飲來看，他用人參也有一種和甘草扶助正氣，防止苦寒過份傷胃。甘草作為使藥，調和藥性，緩和藥性。