普濟消毒飲可以疏風散邪，清熱解毒，外散內清，但是是黃連黃芩做君藥，還是升麻、柴胡做君藥？這個一直是有爭議的，可以根據癥狀不同，方中的重點有所不同。

這方里的君臣佐使分析，歷來爭論的是兩個，一個問題，黃連黃芩做君藥，還是升麻、柴胡做君藥？很多人認為應該升麻、柴胡，勝陽散火，是治療火毒的，也是一類大法。《內經》上就強調“火郁發之”，加上升麻、柴胡升散，對于外來的疫毒之邪有透散作用，所以強調這個。還有一類的觀點，就是黃芩黃連為君，因為是熱毒搏結氣血，用黃芩黃連解毒為主，這個比較適合。形成君藥分析上的一個疑點。

實際上，早期，開始局部有寒熱表證的時候，因為它感染當中來說，這病發展很快，一得了，兩三天可能腫脹非常厲害，發熱高了。初起階段，升柴量可以適量加大，在方中增加透散力量。芩連適當減少，這是初起階段。為什么？過苦寒也容易引邪入里。但是真正熱勢高了，局部發燙很厲害，寒熱現象少了，那是熱毒重了，這時候升柴用量適量減少，要恢復它很小劑量了。黃芩黃連那肯定是主要的了，所以根據它病變階段來靈活運用。后來《溫病條辨》可加減普濟消毒飲。它側重在清熱解毒，這方面特長為主的。標準的，傳統的這個普濟消毒飲，我們應該靈活運用。
 
配伍特點是清疏并用，升降同施。清疏并用是指的疏散透邪，清熱解毒相結合。升降同施是指的黃芩黃連清熱解毒，而且可以苦寒降火。整個方來說，疏散外邪，清熱苦降，降火相結合的。同時，升、柴又有升陽散火的作用。芩、連的苦降，升、柴的升散，兩個相結合，體現了升降同施。針對局部的火熱、熱毒，中醫很多郁熱來說，很多都是升降兼顧的。