傳說苗族醫藥學起源于母系氏族社會，經過幾千年的發展成為了現在比較成熟的苗醫理論，在1985年中央發出搶救民族醫藥學遺產的號召以來，苗醫有受到了重視。

湖南省湘西土家族苗族自治州花垣縣有個祖傳八代的著名苗醫大師，名叫龍玉六，他在生前根據對小時師父畫像的回憶，復制了一張“喔登嘎像”，他用漢話解釋為“母藥王像”。其畫像是一個古老時代的女人，皮膚有毛，上身裸露，下穿樹葉，垂乳，赤腳，手持醫具，充分表現了為子孫后代祛病保身的慈母之心，也表現了苗族人對本民族醫藥學淵源的追溯之意。用社會發展的眼光來看，苗族的母系氏族早于父系氏族一兩千年。在這漫長的年代里，由于母親對子女后代的病痛傷損問題思想負擔最重，當然她們就會首先研究醫藥，并會有所發現、發明、發展和更新，這是苗族醫藥學發源的必然規律。

苗醫認為他們的始祖是喔爸嘎(意為公藥王或藥王爺爺)，能飛行于山谷之間“岔芮岔嘎”，口嘗百草等，與“神農嘗百草以制醫藥”類同，也與《山海經》記載的“十巫”采藥為醫同意。西漢劉向在《說菀》中所說的“古之為醫者曰苗父”的“為醫者”，是講以行醫為主要職業的人;“苗父”，則是指苗族中有較高醫藥學術水平的苗族老人，如“公藥王”、“藥王爺爺”、“巫彭”及“十巫”之類著名的苗醫始祖。而“苗父”，也絕不是單指某一個人，而是對多個老苗醫的統稱。

九黎部落在蚩尤為首領的時期，以農業為主的社會經濟初具規模。尤其在山東至河南一帶，出現了具有古城市氣派的繁華景象。因此才引起黃河上游甘陜黃土高原之炎帝部落和黃帝部落的東進，從而才發生多次較持久的九黎部落與炎、黃部落的戰爭。在這些戰爭過程中，苗族早期的醫藥學不但能發揮一定的治療作用，而且其本身也可得到較快的發展。《說文》云：“古者，巫彭初作醫”。《山海經·大荒西經》云：“大荒之中……有靈山。巫咸，巫即、巫盼、巫彭、巫姑、巫真、巫禮、巫抵、巫謝、巫羅十巫，從此升降，百藥爰在”。《山海經·海外西經》云：“巫咸國在女丑北，右手操青蛇，左手操赤蛇，在登葆山，群巫所上下也”。《山海經·海內西經》又云：“開明東有巫彭、巫抵、巫陽、巫履、巫凡、巫相、夾XX窳(qǐ yǔ)之尸，皆操不死藥以拒之”。《山海經·圖贊》云：“群有十巫，巫咸所統，經技是搜，術XX是綜，采藥靈山，隨時登峰”。《世本》云：“巫彭作醫”;《呂氏春秋·勿躬》也云：“巫彭作醫”;《說文)云：“古者，巫咸初作巫”;西漢劉向《說菀》云：“吾聞古之為醫者曰苗父。苗父之為醫也，以營為席，以芻為狗，北面而視，發十言耳。諸扶之而來者，舉而來者，皆平復如故”;《列子》云：“黃帝時，有神巫，自齊來，處于鄭，命巫咸”;《太平御覽》卷七九引《歸藏》云：“黃神與炎神爭斗涿鹿之野，將戰，筮于巫咸。巫咸曰：‘果哉而有咎’。”從這些經史文獻來看，一方面足以說明巫彭、巫咸等眾苗父都是九黎部落時的苗族醫藥先祖;另一方面也反映了他們不畏艱險，敢與青蛇、赤蛇等天敵搏斗，升降于險山峻嶺之間采藥，以及精心為各類輕重病人治療的動人場面;還反映他們的醫療質量也達到能使輕重病人“皆平復如故”的高妙程度。這與苗族民間傳說的喔爸嘎長年飛越于惡山陡水之間，嘗遍千蟲百草，精心研制醫藥，治愈十萬八千個患病痛災星的“代熊代夷”(苗族于孫)，基本是一個類型。

“三苗”時期，苗族醫藥學出現了革新的勢頭。湘西《苗族歷史討論會論文集·湖南城步苗族族源試探》說，阿濮仆僮和歡兜都是首先開采辰砂染衣、為藥的革新人物。