蒙醫用藥很廣泛，包括植物、動物、礦物及化學制品，但絕大部分還是取自野生植物。據文獻記載，蒙藥材約有2230多種。經調查考證的蒙藥材，屬于植物種子、果實類的有203種；根及根莖類231種；全草類256種；枝葉類54種；花類83種；皮類35種;藤木類36種;菌藻類14種；樹脂類14種；植物的其他類28種;昆蟲類30種；動物類260種;礦石類98種。共計1342種。當地產蒙藥材有：香青蘭、沙前胡、播娘蒿、角茴香、牧馬豆、腺莖獨行菜、沙棘、蓮座薊、文冠木、杠柳、蒙古山蘿卜花、白龍昌菜、山刺玫、金蓮花、冷蒿、梅花草、花錨、扁蕾、齒葉草、手掌參、蒙古芯芭、火絨草、紫花高、烏頭、唐松草等。據調查全區可資利用的蒙古野生藥材達800余種。除自產自用當地產的藥材外,中蒙藥、蒙藏藥也大量交叉應用。如肉蓯蓉通用于滋補強壯，而蒙醫還多用于治療胃病;中蒙藥通用草烏,而蒙醫不僅用烏頭,還用草烏茸（地上四橫,指嫩苗或加工的草與芽）、草烏葉、草烏花等，且用于濕熱病、半身不遂、五官科疾病等；如訶子中蒙醫通用，但蒙醫更為廣泛用于各種疾病；廣棗，中醫用它的樹皮治療燙傷，蒙醫則用其果實治療心臟病；肉豆蔻，中醫煨用于暖脾胃，澀湯，下氣，蒙醫用生肉豆蔻治療心臟病，并用其假種皮“肉豆寇衣”（藥名為玉果花），治療風、氣、白脈病。蒙藏藥交叉應用更為普遍，如三棵針、山川柳、山刺梨、土木香、小葉蓮、冬青、毛瓣綠絨蒿、雙色龍膽、烏奴龍膽、白花龍膽、石榴、紅景天、纖毛婆婆納、橐吾、傘梗虎耳草、卷絲苦苣苔、波棱瓜子、雪蓮花、船盔烏頭、翼首草、囊距翠雀等。