蒙藥種類繁多，資源豐富，且以植物藥為主。據文獻記載，內蒙古分布的種子植物和蕨類植物共計2351種，其中引種栽培的植物有184種，野生植物共2176種，分屬于133科720屬;野生藥用植物1122種，分屬117科1033種。此外藥用藻類1科2種，菌類24科68種，地衣5科7種，苔蘚11科12種。其中常用藥為104種，最常用藥78種，占全國最常用植物藥的36%。

蒙醫常用藥有450余種，蒙醫專用260余種，本區自產藥材占30%。以清熱藥、祛巴達干藥、抑赫依藥、祛黃水藥物為主。還有驅蟲藥、促使熱疾成型的藥物、殺粘藥、利尿逐水益腎藥、破痞去滯藥、止咳化痰藥、瀉下藥、止瀉藥、滋補強壯藥等17類。

蒙藥中有許多具開發利用價值的資源。如無患子科植物文冠果莖枝，是蒙醫專用藥。經過化學分析，鄧麗嘉予試其含有黃酮類、皂甙、揮發油、油脂、香豆素、甾醇及糖類，顧維彰等對不同產地的文冠木的成分對比分析，并從文冠木中得到兩種黃酮，即楊梅樹皮素與雙氫槲皮素。黃雅芳等從其乙醇提取物中分離到5種化合物，即雙氫槲取素、雙氫楊梅樹皮素、表兒茶粉、表沒食子兒茶精和一種結構未知的化合物。毛莨科植物北草烏的干燥葉，顧維彰等從其中分離得烏頭堿、次烏頭堿、新烏頭堿、去氧烏頭堿及北草烏堿。漆樹科植物南酸棗的干燥成熟果實中，鄧麗嘉等從其中得到黃酮、有機酸、甾醇、揮發油、香豆素、糖和酚性成分。木犀科植物賀蘭山丁香的根中。周長風等經予試得到揮發油。油脂、甾體、萜體、酚性成分、蒽醌、香豆素、氨基酸、蛋白質及糖類。菊科植物萵苣的種子，鄧麗嘉等從其中得揮發油、黃酮類、氨基酸、肽蛋白質、酚性成分及糖類。漏蘆的花，經顧維彰等分析，花中含有揮發油、黃酮類、植物甾醇、三萜類及糖類等。劉國聲報道內蒙古紫草含b、b-二甲基丙烯酰紫草素為1.21%，含量高于紫草等等。又如：廣棗(珠如很芍沙)，具有清心火，強心之功效;經其藥理分析，具有治療冠心病、心律失常之作用。蒙古山蘿卜花(胡和�烏達巴拉)，具清熱之功效，經藥理研究具有顯著強心作用。山沉香(阿拉善阿嘎如)，具抑赫依、清熱、止痛、利呼吸之功效;經現代藥理研究具有一定的抗驚厥作用，對中樞神經有明顯的抑制作用，并有顯著的鎮痛作用。蓽茇(必必靈)有調理胃火、祛巴達干赫依、調節體素、滋補強壯、平喘、祛痰、止痛功效;經動物實驗，其揮發油具有耐缺氧和保護實驗性急性心肌缺血作用。白苣勝其揮發油有顯著的利尿作用，其總黃酮對心血管方面有良好的作用。文冠木(僧登)具有清熱消腫、止痛之功效。經研究其總黃酮具有顯著的鎮痛與抗炎作用。另外還有白龍菖菜、芯芭、小檗、紫花高烏頭、金蓮花等。這些資源具有一定的開發利用價值。其中部分資源已開發或正在開發利用。

內蒙古蒙藥最豐富的地區是東部山地，特別是大興安嶺燕北山地，而主要的內蒙古大宗藥材主要分布于廣大草原和荒漠地帶。

據調查和有關資料，內蒙古蘊藏量較大的主要植物藥有：麻黃、甘草、苦豆子、茵陳、苦杏仁、柴胡、側柏、油松、旋覆花、鎖陽、仙鶴草。其次有赤芍、黃芩、苦參、黃精、玉竹、升麻、黃芪、桔梗、益母草、蒼耳、漏蘆花、遠志、葶藶子、枸杞子、秦艽花、卷柏。還有灰蓉、郁李仁、馬勃、硬紫草、香青蘭、草烏、翟麥、鐵線蓮等。另外，還具有一定量的鹿茸、牛黃等動物藥和余糧土、麥飯石等礦物藥。

蒙藥用植物是內蒙古重要的生物資源，開發利用這項資源有兩個主要目的。一是尋求防病治病，保障人民健康的新藥;另一個是利用資源得到最佳經濟效益。在這方面內蒙古多年來作了不少工作，積累了一些經驗，在此基礎上探索到一些循之有效的途徑，更進一步開發利用這一生物資源，造福人類便是擺在全體醫藥工作者面前的首要任務。