肝癌可分為原發性和繼發性兩大類，原發性肝癌的病因及確切分子機制尚不完全清楚，目前認為其發病是多因素、多步驟的復雜過程，受環境和因此雙重因素影響。根據國內外大量研究資料分析，認為肝癌發生的原因主要由以下七種“罪行”所導致。

1.水源污染

飲用水質的嚴重污染，是肝癌發生的重要誘因之一，尤其是污染的溝水，其次為河水，井水最低。故在沒有自來水設施的鄉村，應提倡飲用井水。

2.病毒性肝炎

主要是乙型與丙型肝炎病毒感染，尤其是乙肝與乙肝病毒攜帶者，其原發性肝癌的發生率要比正常人高出2~100倍;在肝癌的高發地區，約20%的人可能是乙型肝炎或乙肝病毒攜帶者。

3.黃曲霉毒素

以黃曲霉素B為最重要的致癌物質。適宜于高溫、高濕的氣候環境中生長繁殖，尤其是夏季的霉變食物及谷物、飼料等，最易被黃曲霉菌污染而產生黃曲霉毒素，長期食用含此毒素的食物可誘發肝癌。

4.化學致癌物質

能引起肝癌的化學物質以N-亞硝基化合物為主，如亞硝胺和亞硝酰胺等。此外，農藥、酒精、黃樟素等亦均能誘發肝癌。

4.基因突變

還有人認為，環境中的突變原和病毒作用激發肝細胞分裂反應途徑的活化，引起細胞的點突變和基因易位，是加速癌細胞增殖的可能因素。

5.免疫狀態

有人認為肝癌患者血漿中含有一種封閉因子，能抑制細胞免疫并保護肝癌細胞不受免疫細胞殺傷。研究已證明，甲胎蛋白就能抑制淋巴細胞和巨噬細胞的吞噬作用。

6.繁雜因素

營養過剩(大量營養素)或營養缺乏(如維生素A、B1缺乏)、血色病、寄生蟲感染及遺傳等，也是誘發肝癌的危險因素。