陰莖癌 
　　1989年在美國兒科學會的包皮環切特別工作組的綜述中，有5項北美發表的有關陰莖癌的研究。此研究中所有發生陰莖癌的男人在其新生兒階段沒有做達包皮環切術（生命晚期做包皮環切不可能提供此種抗陰莖癌的保護作用）。在非洲也有類似的觀察，在未做包皮環切的男人中陰莖癌的易感性增高，這可能是由人乳頭瘤病毒介導的。最近一項北美的病例對照研究發現，陰莖癌和新生兒期未做包皮環切有明顯的關系。法國一項橫斷面研究發現，陰莖上皮內新生瘤（PIN）可能是某些男人陰莖癌的預兆，出與未做包皮環切有關。雖然許多人認為，改善衛生狀況可降低陰莖癌的危險，但缺乏證明這種干預有效的科學證據。據估計，美國每年約發生理50-1000例陰莖癌，患者中所有在出生時未做包皮環切的男人死亡率可高達25%。新生兒包皮環切至少能使陰莖癌的危險降低10倍或更多。然而，也有人爭論，由于大多數病例是50歲以上的男人，而且這些疾病相對少見（北美未切除包皮的男人年發病率大約為2/10萬人），所以新生兒包皮環切術并非一種有成本效益的預防陰莖癌的干預方法。 
　　宮頸癌 
　　宮頸癌幾乎一致肯定是由人乳頭瘤病毒的致癌株引起的性傳播疾病。宮頸癌危險與未毀除包皮的男性伴之間關系的證據主要是生態學方面的。在進行包皮環切的某些地區內，宮頸癌是比較少見的。此外，印度的一項病例對照研究顯示，終生只有一個性伴的婦女，宮頸癌的發生與出年第一年內未做包皮環切的丈夫有顯著關系。雖然宮頸癌及陰莖癌可由同一病原體引起，且陰莖癌與包皮的存在高度相關，但男性伴隨侶包皮環切對宮頸癌發生的預防作用還有待于證實。 
　　尿道感染 
　　1993年Wiswell和Hachey對文獻中報告的研究進行了Meta分析，這些研究調查了不做包皮環切與男性兒童尿道感染危險之間的關系。共鑒定了9項研究，其中6項為回顧性研究，3項為前瞻性研究。所有研究中未切除包皮的兒童比切除者更可能發生尿道炎，在較大兒童和成年人中也有類似的報道。在北美的歐洲，在生命第一年內未做包皮環切的男孩尿道感染發生率為0.9%-5.3%。然而，對于這一點有人提出爭論，如果尿道感染發生率較高，是新生兒期未做包皮環切的唯一不幸后果的話，那么尿道感染發生率必須很高才能說明包皮環切在預防方面的好處超過了并發癥。 
　　包皮環切術中的疼痛 
　　1989年美國兒科學會包皮環切特別工作組的調查注意到，兒童在沒有麻醉的情況下進行包皮環切術所顯示的生理性反應說明他們經受了疼痛和行為改變。最近有人報道，環切包皮的兒童在接種疫苗時具有比未切除包皮兒童更強的疼痛反應。所有新生兒在做包皮環切時均應給予局部麻醉，通過陰莖背神經阻斷，或局部用利多卡因-丙胺卡因軟膏，或二者并用。 
　　包皮環切術的合并癥 
　　1989年美國兒科學會的調查報道包皮環切術后合并癥的發病率約為0.2%-0.6%。雖然25年來在美國有兩例死于此手術，但大多數合并癥是并不嚴重，最常見的為局部感染及出血壓計。另一項調查表明，合并癥的發病率較高，在0.2%-2.0%范圍之內。 
　　性和精神病學問題 
　　有些人指出，男性包皮環切有長期的精神病學的、情感的和性欲的副作用，但缺乏科學證據。英國1946年開始的一項縱向研究追蹤了從出生到27歲的5000多例受試乾，發現包皮環切與未環切包皮者的發育及行為指數沒有差別。雖然有些人堅持認為，男人包皮環切影響性欲的滿足感，但在這方面所進行的研究很少。一項美國研究調查了女性對男性做包皮環切術的看法，87%的院校老年婦女表示比較喜歡包皮環切的陰莖外型。在烏干達，婦女的性伙伴為未做包皮環切者中，50%的人表示她們喜歡與毀除包皮的男人發生性關系，然而，男人包皮環切與性欲滿足或快感之間的關系研究很少；雖然有間接的證據表明，包皮具有重要的感覺功能，但是徹底弄清楚包皮在性健康中所起的作用還需要更進一步的研究。