中醫認為女子孕育與胞宮（子宮）、天癸（月經）、沖任督帶（與女子經帶胎產有關的經絡）以及臟腑（肝、腎、脾）功能密切相關。在子宮內膜異位癥患者中，異位組織長期瘀阻導致精卵結合障礙，腎精不能施化而致不孕。治療原則以活血化瘀為主，溫腎養精為輔。主要分兩型辨證施治：

　　氣滯血瘀型

　　婚久不孕，經行小腹脹痛難忍、拒按，月經提前或延后，經色暗紅，質稠，量少，行而不暢。乳房胸脅脹痛，善嘆息，心煩易怒。舌暗或有瘀斑，脈澀或弦澀。

　　治法活血化瘀，行氣止痛。

　　方藥宣郁通經湯（《傅青主女科》）

　　白芍15克，當歸12克，丹皮12克，山梔9克，白芥子6克，柴胡9克，香附12克，川郁金9克，黃芩6克，生甘草3克。

　　服法經前5天至經期第2天，水煎，早晚分服，一日1劑。

　　加減少腹胸脅乳房脹痛，脹甚于痛者，加川楝子9克；痛甚于脹者，加蒲黃12克，五靈脂12克，延胡索12克，乳香6克，沒藥6克，全蝎1.5克（吞）；少腹刺痛，黃帶多，加紅藤12克，敗醬草12克；疼痛劇烈者，加全蝎9克，烏藥9克，三棱9克，莪術9克；經行腹痛劇烈，惡心嘔吐者，加吳茱萸9克，半夏9克；月經量多，有血塊，塊下痛減者，加蒲黃9克，槐花9克，茜草根12克，劉寄奴9克；小腹脹墜或痛連肛門者，加姜黃9克，川楝子12克；小腹冷痛者，加艾葉9克，小茴香9克；便秘者，加大黃6克，枳實12克；心煩失眠，加炙遠志6克，合歡皮10克。

　　腎虛瘀結型

　　婚久不孕，經期或經后小腹隱隱作痛，或有冷感，喜按，月經量多或量少，色紫暗紅或淡質稀，夾有血塊。痛甚則惡心嘔吐，肛門作脹，大便溏薄。頭暈耳鳴，腰酸腿軟，小便清長，面色晦黯，舌質淡紅，舌邊有瘀點，苔薄，脈沉細或細弦。

　　治法溫腎養精，活血化瘀。

　　方藥右歸丸（《景岳全書》）加減

　　熟地15克，山藥12克，山茱萸9克，枸杞9克，鹿角片6克，菟絲子12克，杜仲12克，當歸12克，肉桂3克，制附片6克。

　　服法與加減

　　月經第5天至第10天，去鹿角片、杜仲、肉桂、制附片。加冬青子9克，旱蓮草20克，茯苓12克，制首烏15克，仙靈脾12克。水煎，早晚分服，一日1劑。

　　月經第11天至第16天，去枸杞、杜仲、制附片。加仙茅9克，仙靈脾12克，黨參30克，肉蓯蓉12克，覆盆子12克。水煎，早晚分服，一日1劑。

　　月經第17天至第25天，去杜仲、當歸、肉桂、制附片。加川芎9克，澤蘭12克，茺蔚子12克，香附12克，牛膝9克，路路通12克，王不留行9克。水煎，早晚分服，一日1劑。

　　月經期去山藥、山茱萸、枸杞、鹿角片、肉桂、制附片。加丹參15克，桃仁9克，澤蘭12克，陳皮6克，牛膝9克，蒲黃12克，白芍15克，香附12克，益母草30克，一日1劑。