急性直腸炎長期不愈，則變為慢性直腸炎。直腸粘膜及其下層肥厚者，為慢性肥大性直腸炎；如直腸內的腸腺及其間質萎縮改變者，稱為慢性萎縮性直腸炎。

臨床表現：

便秘與腹瀉交替，便中含有粘液及血絲，大便時肛門口灼痛。因分泌物刺激，肛門周圍表皮脫落，有時成裂口發癢，下腹部脹滿不適，食欲不振，體重減輕，全身不適。

診斷方法：

指診可觸到直腸粘膜彈性減弱，粗糙呈顆粒狀突起或有疤痕。直腸鏡檢查可見粘膜水腫、肥厚，色黃白，被覆粘液，擦去粘液，可見粘膜表面不光滑，個別部位有糜爛。細菌培養和活體組織檢查，可確定病因診斷。

慢性直腸炎鏡檢的特點是：粘膜腫脹、肥厚，表面呈粗糙顆粒，有少量粘液，萎縮性直腸炎鏡下可見：粘膜干燥、色灰白，粘膜下可見血管網。