雖然尿結石的形成與代謝紊亂兩者之間的關系仍無最終結論，但是經過醫學科研人員多年的研究認為鈣磷代謝紊亂可引發：高鈣尿、高草酸尿、高尿酸尿、胱氨酸尿、黃嘌呤尿、低枸櫞酸尿等。

尿石癥的主要病因為鈣磷代謝紊亂以及其他因素。而患者對代謝紊亂方面比較關心。

具體病因可分為：

(1)胱氨酸尿：屬遺傳性缺陷。

(2)高草酸尿：原發性高草酸尿、維生素B6缺乏等。

(3)黃嘌呤尿：是常染色體隱性遺傳的嘌吟代謝紊亂。

(4)低枸櫞酸尿：堿中毒、甲旁亢、維生素D中毒、酸中毒、低鉀血癥、尿路感染。

(5)高尿酸尿：痛風、高尿酸血、高尿酸尿、白血病、真性紅細胞增多癥、先天性酶缺陷(如糖原貯疾病)、舞蹈手足徐動癥等。

(6)高鈣尿：高血鈣、甲狀旁腺功能亢進、原發性遠端腎小管酸中毒、髓質海綿腎、類肉瘤病、維生素D中毒、乳堿綜合征、長期臥床、Cushing''''s綜合征、甲亢、特發性高鈣尿(吸收性高尿鈣)。

(7) 據科研實驗發現，性激素與結石癥密切相關，雄激素可以誘發結石。 醫學界一直認為，尿石癥的病因比較復雜，與自然環境、生活條件、全身代謝紊亂及本身疾患有關，且具有個性化特點。

但是，在臨床上卻發現尿石癥男性發病率明顯高於女性，大約為二點五比一。廣西醫科大學一附 院對四組雄性大白鼠進行了對比測試，試驗組白鼠給予百分之零點五乙二醇溶液作日常飲用水誘發結石，對照 組給予標準飲用水。

四周后分別取白鼠左心血、腎臟病理切片測性激素及觀察結石結晶，結果發現性激素與結 石形成有明顯關系，雄激素可以誘發結石。

此外，患者因某種病而大量服用維生素D、維生素C、皮質激素、氨苯喋啶、四環素、阿司匹林等可引發腎結石。

潰瘍患者服用硅酸鎂可形成硅酸鹽結石。青光眼患者服用乙酰唑胺可形成磷酸鈣過飽和而引發結石。服用磺胺類藥物，由于乙酰衍生物由腎臟排泄，在酸性尿中溶解度低，所以導致有些患者形成結石。