尿結石雖然是一個簡單的疾病，但是有些尿結石可能是因為病人的某些基礎性疾病而引起的，這樣尿結石的防治方法也會隨著不同的類型而發生改變。

尿路結石的預防應根據不同情況采取相應的措施，在夏季、在高溫環境下工作、結石多發地區和易發結石個體應鼓勵大量飲水，維持每日尿量在2至3升，因夜間尿量少，亦可采取睡前、夜間起床排尿后飲水方法，保持夜間尿量增加，有利預防結石發生，延緩已有結石的增大，如結合利尿解經的藥物可促進小結石的排出。

尿路感染的膿塊亦可作為形成結石的核心，多飲水和抗生素應用可促進尿液引流和控制感染，預防感染性結石的發生。

全身鈣磷代謝紊亂可導致尿中鈣濃度的增高，使晶體沉淀形成結石，如甲狀旁腺功能亢進患者，應首先切除甲狀旁腺腺瘤，如已有結石發生，手術后腎內結石可自行溶解。痛風病人，體內嘌呤代謝異常，尿酸增多，高尿酸尿癥可引起尿酸結石，預防應著手于痛風的治療，可口服別嘌呤醇。

服用有些藥物也可發生尿路結石，如磺胺藥物經腎排出時，在酸性尿中藥物晶體極易沉淀，形成結石，故預防應多飲水和服用堿化尿液的藥物，如枸櫞酸鉀，有報道服用索密痛和胺苯硫脲也可引起尿路結石，應引起重視。

有些結石發生和營養或維生素有關，如在營養不良的兒童中容易發生膀胱結石，預防應給予足夠的乳品、蛋白質和動物脂肪食物，而成人服用過多維生素D，有可能誘發腎結石。尿路的先天性畸形，如先天性腎盂輸尿管狹窄，可引起尿路的梗阻，尿流不暢，繼發感染，導致結石發生，因此需手術矯正。

老年男性有前列腺增生排尿不暢，容易發生膀胱結石，因此前列腺增生應及早治療。而有些回腸短路手術后、回腸切除手術后或潰瘍性結腸炎的病人，由于膽汁重吸收和利用障礙，使過量的草酸鈣從腸道吸收，并經尿液排出，形成草酸鈣結石，預防可服用枸櫞酸鈣。