治療乙肝用藥首先要強調安全性，乙肝患者病情變化多端，療程漫長，單一用藥難以達到治療目的，現多采用聯合治療，用藥安全是首要的。

多年以前，曾經使用的多種肝炎用藥，后來被證實是不安全的，例如阿糖腺苷、膦甲酸等，都有可能引起腎功能損害。目前使用的干擾素、拉米夫定等，如果使用不當，同樣存在嚴重的安全隱患，選擇病例不當或擅自停藥都可能導致病情加重。

中藥一直是人們心目中最為安全的藥物，其實中藥也存在著不安全因素，不少中草藥和中藥制劑，都被證實具有明顯的損肝作用，例如中草藥蒼耳子、貫眾、雷公藤、天花粉、肉豆蔻、薄荷、川楝子等等;中成藥有小柴胡湯、復方青黛丸、消核片、克銀丸等。某些中藥具有藥理作用和毒理作用的雙重性，甚至其有效成分就是其毒性成分，所以并非所有中藥都是安全的，即便是使用中藥也要首先了解每種中藥的藥理特性，避免濫用和超期、超量服用中藥。對于民間驗方、偏方一定要慎用，以防中毒。

各種新藥使用時間不長，遠期療效和不良反應尚不清楚，使用過程中一定要定期監測肝功、血象等。對于以往有過藥物過敏史或過敏體質的患者用藥一定要謹慎，一旦出現藥物性肝損害，一定要停止使用該藥物，及時前往正規醫院診療。