卵巢囊腫會影響卵巢的正常功能，為女性造成生殖方面的危害，若卵巢囊腫治療不及時或不徹底，還會引起許多并發癥。
1.瘤蒂扭轉
囊性畸胎瘤、黏液性及漿液性囊腺瘤最易發生蒂扭轉，瘤體易受腸蠕動或體位變動的影響而轉動。急性蒂扭轉時，患者突然發生下腹劇烈疼痛，活動不利，甚至晚上睡覺中可被疼痛驚醒，嚴重時可伴惡心、嘔吐，甚至休克。檢查時患側腹壁肌緊張，壓痛顯著，腫塊張力較大。
2.囊腫破裂
囊腫破裂是指囊瘤脹破或被擠破，其中以自發性破裂較多見，由于生長過快，囊壁的局部血液供應不足，增量的囊液即自囊壁的薄弱部破出溢入腹腔。囊腫破裂進入腹腔后可能引起腹膜炎、腸粘連甚至腸梗阻。
3.感染
腹腔感染不是很常見，主要是蒂扭轉或囊腫破裂引起，也可來自鄰近器官感染灶，如闌尾膿腫擴散等。臨床表現為發熱、腹痛、腫塊及腹部壓痛、腹肌緊張及白細胞升高等，治療應先用抗生素，然后手術切除腫瘤。
