新生兒病理性黃疸與生理性黃疸不同，根據其特點可以相互鑒別。新生兒病理性黃疸是由許多原因組成的一組疾病，常見的幾種黃疸原因是：溶血性黃疸、感染性黃疸、阻塞性黃疸、母乳性黃疸等，不同原因形成的黃疸其黃疸的特點又各不相同。
(1)溶血性黃疸：溶血性黃疸最常見原因是ABO溶血，它是因為母親與胎兒的血型不合引起的，以母親血型為0、胎兒血型為A或B最多見，且造成的黃疸較重；其他如母親血型為A、胎兒血型為B或AB；母親血型為B、胎兒血型為A或AB較少見，且造成的黃疸較輕。這樣一來，一些父母會十分緊張，擔心孩子會發生ABO溶血，其實要說明的一點是：不是所有ABO系統血型不合的新生兒都會發生溶血。據報道新生兒ABO血型不合溶血的發病率為11.9%。新生兒溶血性黃疸的特點是生后24小時內出現黃疸，且逐漸加重。
(2)感染性黃疸：感染性黃疸是由于病毒感染或細菌感染等原因主要使肝細胞功能受損害而發生的黃疸。病毒感染多為宮內感染，以巨細胞病毒和乙型肝炎病毒感染最常見，其他感染有風疹病毒、EB病毒、弓形體等較為少見。細菌感染以敗血癥黃疸最多見。黃疸的特點是生理性黃疸后持續不退或生理性黃疸消退后又出現持續性黃疸。
